注意确保腐熟后使用未腐熟的有机肥中含有病原菌、杂草种子等有害物质，使用后有可能引起虫害滋生、杂草蔓延、作物烧苗等问题，应引起足够重视。
注意掌握使用方法有机肥可分为固体有机肥和液体有机肥两类，一般固体有机肥用作基肥，液体有机肥用作追肥。在使用方法上，粉状有机肥可在耕作前撒施，颗粒有机肥可撒施，也可通过施肥机根施；液体有机肥可在作物生长不同阶段进行喷施、灌施或滴施，配合固体有机肥为作物提供养分。
注意科学确定使用量有机肥的使用量应遵循测土配方施肥的原则，根据土壤养分含量、目标产量和肥料养分含量进行配方施肥，一般大田作物每亩施固体有机肥300~500千克，蔬菜和果树作物每亩施固体有机肥500~1000千克，有机果蔬作物每亩施固体有机肥1000~2000千克。液体有机肥的使用根据不同作物类型和不同生产阶段进行确定，一般随着幼苗期、茎叶生长期和果实生长期而增加使用量。